登基为帝

　　建元二年(344年)九月二十六日，晋康帝去世。九月二十七日，年仅两岁的太子司马聃即位，尊母亲皇后褚蒜子为皇太后，并由褚太后临朝摄政。第二年改元为永和。同年十月二十三日，将晋康帝安葬于崇平陵，十一月初九日，车骑将军庾冰去世。

　　由于司马聃年幼，所以由褚太后掌政，并由何充辅政。永和二年(346年)正月己卯日，何充去世。二月癸丑日，由司徒蔡谟与会稽王司马昱辅政。此后赵石虎病死，中原大乱。晋穆帝在位期间东晋朝廷先后令褚裒、殷浩北伐，均未成功。永和十年(354年)，太尉、征西将军桓温北伐关中，大败前秦。桓温还消灭了在四川立国的成汉，并且于356年夺回洛阳，虽然不久就因为粮运不继而撤退，东晋的版图仍然有所扩大。