崇祯十七年(1644)，闯王李自成领导的农民起义军进攻北京，崇祯帝见大势已去，绝望地叫来太子朱慈烺并另外两个儿子——朱慈灿、朱慈焕，亲自为他们换上民间衣服，令其逃亡，并叮嘱他们说：“见到做官的叫老爷或相公，见到平民百姓叫老爹或老兄，见到文人叫先生，见到军人叫长官，以此保全性命，勿忘父母之仇，勿忘光复明室。”这是一位父亲对不通人情世事的孩子们如何在乱世中安身立命的教诲，父子亲情及无限感慨尽在其中。

　　后来，农民起义军攻破城池，崇祯帝自缢煤山。由于局势混乱，太子朱慈烺出宫后的下落便变得扑朔迷离起来，在当时就已经传闻纷起。

　　其中第一种说法是，崇祯太子后被清廷处死。如《国寿录·崇祯太子》和《甲申传信录》(作者钱粤只，明末清初人)中都有这样的记载：

　　当时，太子趁乱逃出皇宫，被一位老太太收留。当老太太得知他是太子，便让他隐姓埋名，在家藏匿三个月之久。后来老太太衣食无着，无力供养太子，就想办法把太子送到了其亲属周奎家。这周奎胆小怕事，不敢收留，甚至听到清廷的搜捕令后，立刻将朱慈烺上交了刑部。清朝统治者得到朱慈烺后，恐怕朱慈烺会成为明朝遗民的精神支柱，于是将他处死，斩草除根。

　　第二种说法是，被李自成俘获。

　　《明史》记载：“京师陷，贼获太子，伪封宋王。”

　　李自成进城后，受命保护皇子的太监怕受牵连，又见李自成下了悬赏令，便把太子献给了李自成。李自成为了笼络人心，将朱慈烺留在军中，并将其作为招抚吴三桂的人质。